JSAに加盟する都道府県（地域）協会を紹介します。都道府県（地域）協会は、該当地域の会員・団体を統括するとともに、地域内での公式戦等を主管・主催する権利を有します。
加盟協会（正会員）
長野県スカイランニング協会
（NASA）
代表：木村 卓哉
2020年設立
群馬県スカイランニング協会
（G-SKY）
代表：松本 大
2021年設立
四国スカイランニング協会
（4SKY）
代表：杉本 雅昭
2021年設立
北海道スカイランニング協会
（HSA）
代表：阿部 雅司
2021年設立
東北スカイランニング協会
※2024年度内にクラブチームへ移行予定
